南昌工程学院前身为创建于1958年的江西水利电力学院，此后历经江西省水利水电学校大专部、江西工学院水利分院、江西水利专科学校、南昌水利水电专科学校、南昌水利水电高等专科学校，2004年升格为本科院校，更名为南昌工程学院；2005年被批准为学士学位授予单位；2011年被批准为硕士专业学位研究生培养试点高校。
学校设有研究生院、水利与生态工程学院、土木与建筑工程学院、机械与电气工程学院、信息工程学院、工商管理学院、经济贸易学院、人文与艺术学院、理学院、外国语学院、国际教育学院、马克思主义学院、体育教学部、士官学院、瑶湖学院和继续教育学院等16个教学院（部），开设57个本科专业。