学校前身是山东医学院附设医士班，1952年经华东军政委员会同意，根据山东省卫生厅指示分迁至济宁整合山东省第四康复医院等资源成立山东省济宁医士学校；1958年山东医学院援建，升格为本科高校，更名济宁医学院，招收第一届本科生；1959年更名济宁医学专科学校； 1987年恢复济宁医学院校名，在全国率先开展精神医学专业本科教育。
据2021年4月学校官网显示，学校有太白湖校区、日照校区、任城校区、教学科技园(与济宁国家高新区共建)，占地总面积115万平方米，校区固定资产22.5亿元，附属医院资产20亿元，馆藏图书总量360余万册。