福建医科大学前身是创办于1937年的福建省立医学专科学校，1939年改名为福建省立医学院，1949年改称福建医学院，1969年与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院，1996年4月更名为福建医科大学。2003年，被福建省人民政府确定为重点建设高校，同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。
截至2020年7月，学校有上街、台江2个校区，规划占地约1500亩；设有21个学院（部），28个本科专业；有博士后科研流动站2个，博士后工作站4个，一级学科博士学位授权点6个，博士专业学位授权点2个，一级学科硕士学位授权点8个。硕士专业学位授权点6个；有教职医护员工11900多人（含附属医院），在校全日制学生16000多人；有专任教师1595人，其中具有博士学位教师占43.7%，教授505人，副教授610人；学校博士点总数位居全国独立设置医学院校（含军队院校）第8名；有国家级重点学科（专科）12个，省级重点学科（专科）56个；拥有72个省部级科研平台；拥有6所直属附属医院，5所临床医学院，15所非直属附属医院，23所临床教学医院。