北京中医药大学始建于1956年，前身为北京中医学院，是国务院批准最早创办的高等中医药院校。1960年，学校被中央确定为全国重点高校；1971年，学校与中国中医研究院合并；1977年，两院分开，分别恢复独立办学；1993年，学校更名为北京中医药大学；1996年，入选国家“211工程”重点建设大学；2000年，学校与北京针灸骨伤学院合并，组建新的北京中医药大学。
学校有和平街校区、望京校区和良乡校区3个校区，占地面积108.30万平方米；下设14个教学单位，12个本科专业；有8所直属附属医院，4所非直属附属医院，5所非直属临床医学院，8所教学医院；教职工5120人；全日制在校生12602人，其中研究生4504人，本科生7536人，留学生562人。