学院设有作物学博士后流动站、作物学一级学科博（硕）士点，作物栽培学与耕作学、作物遗传育种、植物生物技术、农产品质量安全与环境、农业信息化技术、区域农业发展、作物生产装备及其自动化等7个二级学科博（硕）士点和生态学二级学科硕士点，以及农业推广硕士专业学位点（含作物、农村与区域发展2个培养领域）；学院设有农学、农村区域发展2个本科专业和农学（农业信息技术）专业方向，其中农学专业为江苏省首批品牌专业和国家特色专业建设点，农村区域发展专业是扬州大学特色专业建设点。
重点学科：作物栽培学与耕作学，为国家级重点学科，发源于1902年著名实业家、教育家张謇先生创办的江海农学堂。20世纪60年代开始招收研究生，1981年获硕士学位授予权，1998年获博士学位授予权，2000年获作物学一级学科博士学位授予权，2003年获准设立作物学博士后流动站。1986年、1994年、2001年相继被确定为江苏省重点学科，2006年被评为国家级重点学科。其中，农产品质量安全及其控制方向于2005年被遴选为江苏省重点（交叉）学科。1996年后，一直为中国作物学会栽培专业委员会挂靠单位。