入选国家“中西部高校基础能力建设工程”、安徽省第一批地方特色高水平大学和第一批综合改革试点学校、国家“特色重点学科项目”建设高校、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家级大学生创新创业训练计划、国家药品临床研究基地、中国政府奖学金来华留学生接收院校、教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校，长三角医学教育联盟创始成员。
学校前身是1926年5月创办的上海东南医学院。1949年底，响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”的号召，东南医学院内迁安徽省，成为安徽省第一所高等医科院校。1952年改名为安徽医学院。1985年更名安徽医科大学。